今は亡き偉大なる魔法使いマーリンの弟子で、善なる魔法使いマーリニアンスを率いる第777代目の最高指導者バルサザールは一千年近くの間、マーリンの後継者を探して世界中を旅していた。現代のニューヨークで、バルサザールはついにその選ばれし者を見つける。しかしその男デイヴは、物理学には強いが、ケンカひとつしたことのない気弱な大学生だった。突然の出来事に混乱するデイヴの意思をよそに、バルサザールは彼を自分の弟子とし、魔法の技と美学を教えようとする。その頃、人形の形の魔法の監獄に封じ込められていた邪悪なる魔法使いモルガニアンズが、次々と甦ろうとしていた。バルサザールの宿敵マクシム･ホルヴァート、巨大な竜を操るサン･ロック、17世紀の少女の魔女アビゲイル･ウィリアムスらは、史上最悪の女魔法使いモルガナ･ル･フェイを甦らせるために暗躍し始める。それを阻止するには、デイヴに秘められた謎の力が覚醒しなければならない。しかしデイヴは魔法使いとしては未熟で、さらに魔法使いの弟子としての自覚がまったくなかった。モルガニアンズが勢力を拡大する中、バルサザールとデイヴは彼らの陰謀を阻止することができるのか？！
